StarPU Tutorial - ComPAS - 2013 - Utilisation de PlaFRIM/DiHPES

Connection à la plateforme

Démarrez votre ordinateur à partir de la clef USB fournie. Une connection va s’ouvrir, cliquer sur le gestionnaire de fenêtres (2ème icone en partant de la gauche dans la barre de menus en bas de l’écran), et ouvrir home-rw.

Le script ssh_plafrim permet de se connecter à la plateforme. La passphrase de l’utilisateur “compas_user_XX” (XX ayant une valeur de 01 à 20) est la chaine “compas_user_XX”.

$ cd /media/home-rw/
/media/home-rw/$ ./ssh_plafrim
Enter passphrase for key 'compas_user_XX': compas_user_XX
*****
***** PlaFRIM - Machine de formation
*****

compas2013-XX@formation:~>

Compilation et exécution des applications

La compilation et l’exécution d’applications StarPU doit se faire sur les noeuds de calcul mirage et non sur la machine frontale. On utilise pour cela le gestionnaire de ressources torque. Voici rapidement les commandes que vous allez besoin lors de ce tutoriel.

• Connaitre l’état des noeuds. La commande pbsnodes permet d’interroger le gestionnaire de ressource pour connaitre l’état des noeuds.

  $ pbsnodes
  

• Soumettre un job de manière différé:

  $ qsub script.pbs
  

  Ceci soumet un noeud sur une seule machine. Pour réserver plusieurs machines:

  $ qsub -l nodes=2 script.pbs
  

  Par défaut seul un coeur de la machine est réservé, plusieurs soumissions peuvent donc s’exécuter en même temps sur la machine. Pour réserver la totalité d’une ou plusieurs machines:

  $ qsub -l nodes=2:ppn=8 script.pbs
  

StarPU est déjà compilé sur mirage, ainsi que les applications des 2 exercices. Chaque répertoire exercices/partieX contient un fichier README expliquant comment lancer les applications. Des exemples de fichier script à donner à la commande qsub sont disponible dans le répertoire qsub de votre répertoire principal.

Utiliser la version de StarPU présente sur la clef USB

Les utilitaires StarPU, ainsi que des exemples d’application sont disponibles sur la clef USB. Tapez starpu-<TAB>; pour voir la liste des utilitaires, les exemples sont disponibles dans le répertoire /usr/lib/starpu/examples.

Les fichiers de développement pour StarPU sont également disponibles (voir dpkg -L libstarpu-dev)